扩展范围的蛋白质组学分析(ERPA):一个新的序列覆盖率高和敏感质平台广泛复杂的蛋白质翻译后modifications-comprehensive分析β-酪蛋白和表皮生长因子受体(EGFR)。
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吴SL,金正日J,汉考克WS, Karger B
扩展范围的蛋白质组学分析(ERPA):一个新的序列覆盖率高和敏感质平台广泛复杂的蛋白质翻译后modifications-comprehensive分析β-酪蛋白和表皮生长因子受体(EGFR)。
蛋白质组研究》2005 Jul-Aug; 4 (4): 1155 - 70。
- PubMed ID
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16083266 (在PubMed]
- 文摘
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我们已经开发出一种新的敏感质平台,扩展范围的蛋白质组学分析(ERPA),这是能够实现很高的序列覆盖率和转录后修饰的全面描述复杂的蛋白质。这个新平台提供了优势自顶向下和自底向上的蛋白质组学方法相结合(i)与酶消化的蛋白质,如Lys-C,削减经常比胰蛋白酶,导致更高的平均分子量肽大小,(ii)高性能LC分离产生的碎片,(3)一个新的数据使用LTQ-FTMS收购战略,混合线性离子阱质谱仪,夫妻与傅里叶变换离子回旋共振(FTICR)细胞,来分析多肽在0.5到10 kDa的范围,及(iv)新的数据分析方法分配大肽结构和确定附件的网站的转录后修饰以及结构特点准确前体质量(2)女士和女士一起(3)破碎。LC保留Lys-C碎片的增加,相对于胰蛋白酶的消化,由于一般更大肽的疏水性,因此尤为重要,包含亲水修饰,如糖基化和磷酸化肽。此外,额外的带正电的精氨酸和赖氨酸残基的Lys-C碎片提高磷的你修改的敏感性和糖肤至少10倍相对于胰蛋白酶的碎片。在典型操作,FTICR细胞为调查扫描提供了高质量分辨率(> 100 000)和准确的质量(< 2 ppm)的高电荷状态大肽的前体离子。并行,线性离子阱提供女士(2)和(3)女士碎片光谱,扫描速度足够快的在线质。这些数据提供多个方法来确定或增强作业的大型或复杂肽的信心。使用ERPA,我们证明> 95%的序列覆盖率分析的两个高度磷酸化和糖基化的蛋白,β-酪蛋白在50 fmole级别和表皮生长因子受体(EGFR)在1 pmole水平。总之,消化的组合策略,高性能分离和混合LTQ-FTMS仪器使大型综合表征蛋白质,包括转译后的修改。