DNA促旋酶需要DNA二价金属离子的有效two-site协调:进一步了解酶作用的机理。
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茜茜公主C, Chemello,巴斯克斯E, Mitchenall洛杉矶,麦克斯韦,帕伦博M
DNA促旋酶需要DNA二价金属离子的有效two-site协调:进一步了解酶作用的机理。
生物化学。2008年8月19日,47 (33):8538 - 45。doi: 10.1021 / bi800480j。Epub 2008年7月22日。
- PubMed ID
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18642932 (在PubMed]
- 文摘
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DNA促旋酶的催化特性,2 b 2复杂,调制的二价金属离子的存在。用圆二色性、蛋白质融化实验和酶活性测定,我们调查了2 b 2构象之间的相关性,金属离子代数余子式的性质和酶活性的存在和没有DNA衬底。在室温下,DNA促旋酶结构没有明显影响钙(2 +)或镁(2 +),但被修改,Mn (2 +)。此外,金属离子强烈影响酶的热转换,呈现2 b 2结构更加灵活。使用B亚基,我们能够识别两个截然不同的复合物与锰离子。第一个展览1:1化学计量学和不影响DNA的存在。第二个复杂与大量蛋白质结构改性,可以显著增加调制的DNA衬底。这种行为在重组蛋白是守恒的。有两个GyrB突变体研究表明,Mn(2 +)干扰TOPRIM地区调节促旋酶成为超螺旋的活动。特别是考虑到需要两个二价金属离子的高效催化磷酸二酯键的乳沟,我们的数据表明,残留D500参与第一个络合事件(DNA-independent),而残渣D498主要在第二个进程有关。 In conclusion, a combination of the ion features (ionic size, electronegativity, coordination sphere) operating at the level of the catalytic region and of the ion-driven modifications in overall enzyme structure and flexibility contribute to the mechanism of gyrase activity. An effectual role for DNA recruiting the second catalytic metal ion is envisaged.