下令水的熵的损失占抗生素的弱结合新生霉素耐药突变的DNA促旋酶:一个热力学和结晶的研究。
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沃德WH Holdgate GA, Tunnicliffe,韦斯顿SA。G,巴斯PT,泰勒IW, Pauptit RA,蒂姆斯D
下令水的熵的损失占抗生素的弱结合新生霉素耐药突变的DNA促旋酶:一个热力学和结晶的研究。
生物化学。1997年8月12日,36 (32):9663 - 73。
- PubMed ID
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9245398 (在PubMed]
- 文摘
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新生霉素是一种抗生素,结合B亚基的24 kDa片段DNA促旋酶。天然耐药性突变的参数- 136氢键新生霉素的香豆素环。我们有量热法适用于描述绑定的新生霉素野生型和R136H突变24 kDa碎片。在突变,Kd增加在300 K从32到1200海里。绑定的焓是更有利的变异(DeltaH度变化从-12.1到-17.5千卡每摩尔),和绑定是更有利的熵(TDeltaS度变化从-1.8到-9.4千卡每摩尔)。这些变化都是在预期的方向相反如果Arg残渣的损失降低氢键。在定压热容的变化在绑定(DeltaCp)变化从-295年到-454年卡尔mol-1 k - 1。我们也报告了晶体结构,分辨率2.3,R136H 24 kDa片段之间的一个复杂和新生霉素。尽管DeltaCp的变化通常会被视为反映埋葬增加疏水表面绑定,这种结构揭示了一个小的减少。此外,有序水分子隔离成胍盐的去除空出的卷组。 There are large discrepancies when the measured thermodynamic parameters are compared to those estimated from the structural data using empirical relationships. These differences seem to arise from the effects of sequestering ordered water molecules upon complexation. The water-mediated hydrogen bonds linking novobiocin to the mutant protein make a favorable enthalpic contribution, whereas the immobilization of the water leads to an entropic cost and a reduction in the heat capacity of the system. Such a negative contribution to DeltaCp, DeltaH degrees , and TDeltaS degrees appears to be a general property of water molecules that are sequestered when ligands bind to proteins.