分子动态模拟顺铂-和oxaliplatin-d (GG) intrastand交叉连接揭示构象动力学的差异。
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沙玛,龚P,寺庙B, Bhattacharyya D, Chaney SG Dokholyan NV
分子动态模拟顺铂-和oxaliplatin-d (GG) intrastand交叉连接揭示构象动力学的差异。
J杂志。2007年11月9日,373 (5):1123 - 40。Epub 2007年8月23日。
- PubMed ID
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17900616 (在PubMed]
- 文摘
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错配修复蛋白质、DNA damage-recognition蛋白质和translesion DNA聚合酶区分Pt-GG加合物包含cis-diammine配体(由顺铂(CP)和卡铂)和trans-RR-diaminocyclohexane配体(由铂(牛)),这种歧视被认为是重要的在确定疗效的差异,这些铂抗癌药物的毒性和诱变。我们假定这些蛋白质构象的认识差异和/或构象动力学的DNA包含加合物。我们以前确定的核磁共振的解决方案结构OX-DNA, CP-DNA和未损坏的双螺旋DNA的5 ' - d (CCTCAGGCCTCC) 3 '上下文和显示序列的存在几个附近的构象差异Pt-GG加合物。这里我们有利用分子动力学模拟来探讨不同的构象OX-DNA之间的动力学,CP-DNA和未损坏的DNA在同一序列的上下文。25 10纳秒的完全溶剂化进行了分子动力学模拟从两个不同的使用琥珀v8.0 DNA构象。25在4 ns模拟达到平衡,都是独立的开始与先前的晶体结构和近距离协议和NMR结构。我们的数据表明,cis-diammine (CP)配体优先形成氢键的5‘Pt-GG的加合物,而trans-RR-diaminocyclohexane优先(牛)配位形成氢键3的加合物。此外,我们的数据显示,这些氢键形成强烈的差异与构象变化的差异,具体时间的分数不同的DNA构象附近的加合物,CP -和OX-DNA加合物。我们假定微分CP -识别和OX-GG错配修复蛋白加合物,DNA damage-recognition蛋白质和DNA聚合酶可能是由于部分差异分数加合物的时间花在一个构象有利于蛋白质绑定。