聚类分析的一个广泛的人类乳腺癌细胞株蛋白质表达地图数据库。
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哈里斯RA,杨,斯坦RC,露西K, Brusten L, Herath,帕尔克R,医学博士Waterfield O ' hare MJ,内维尔,乔丹页,Zvelebil乔丹
聚类分析的一个广泛的人类乳腺癌细胞株蛋白质表达地图数据库。
蛋白质组学。2002年2月;2(2):212 - 23所示。
- PubMed ID
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11840567 (在PubMed]
- 文摘
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在当前的研究中,蛋白质表达地图(到聚合物)的26个乳腺癌细胞系和三个细胞系来源于正常乳房或良性疾病组织被高分辨率二维凝胶电泳的视觉。分析这些数据进行ChiClust和ChiMap,这里所描述的两个分析生物信息学工具。这些工具旨在促进特定模式的识别由两个或多个共享(一系列)到聚合物。这两个工具都使用到聚合物相匹配的图像分析程序和本地写程序来创建一个匹配表,保存在一个对象关系数据库。ChiClust工具使用集群和subclustering方法提取统计上显著的蛋白表达模式的大型系列到聚合物。ChiMap工具计算差值(百分比变化或褶皱变化)和代表这些图形。所有这些差异,或只是使用ChiClust可以报ChiMap识别。这些方法不依赖于任何特定的商业图像分析计划,和整个软件给出了一个集成过程的比较和分析一系列到聚合物。ChiClust工具是用在这里订购的乳腺癌细胞株组根据生物学特性包括形态学体外和体内肿瘤形成能力。ChiMap被用来强调八个主要蛋白质的功能上的改动发现乳腺癌细胞系之间做或不裸体小鼠的繁殖。 Mass spectrometry was used to identify the proteins. The possible role of these proteins in cancer is discussed.