Raltegravir的灵活性及其对HIV-1 IN靶标识别的影响。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

阿罗拉R，德·波钦IC，波兰斯基J，莱恩E，切尔塔诺夫L

Raltegravir的灵活性及其对HIV-1 IN靶标识别的影响。

中华分子生物学杂志。2013 9月26日(9):383-401。doi: 10.1002 / jmr.2277。

PubMed ID

23836466 (PubMed视图

］

摘要

hiv - 1in是发展艾滋病化疗的一个相关靶点。首个被批准用于治疗HIV/AIDS的in特异性抑制剂RAL被设计用于阻断ST反应。我们描述了RAL的结构和构象特征，并通过假定的HIV-1靶标-未结合的IN, vDNA和IN*vDNA复合体-在整合过程中模拟IN状态来识别它。通过对抑制剂构象进行大量采样，并使用四种不同的对接算法:Glide、Autodock、VINA和SurFlex，研究了RAL与靶标的结合。所获得的数据证明:(i)活性位点所描绘的大结合袋和未结合in中的延伸环可容纳具有不同构象态的RAL，这些构象态均与目标缺乏特异性相互作用;(ii)由活性位点、vDNA和in *vDNA复合物中的缩短环形成的定义良好的空腔提供了一个更优化的抑制剂结合位点，其中RAL可螯合Mg(2+)阳离子;(iii)经过处理的DNA的RAL和未配对胞嘧啶之间的特异性识别由一对强h键控制，类似于在DNA碱基对G-C中观察到的那些h键。在断裂的vDNA上鉴定出的RAL位姿揭示了RAL抑制机制的一个假定步骤。这一建模研究表明，抑制过程可能包括被处理过的vDNA结合到瞬态IN中间态作为第一步识别RAL，从而为设计具有更高亲和力和选择性的IN抑制剂提供了潜在的前景。

引用本文的药物库数据

药物

Raltegravir