布氏锥虫鸟氨酸脱羧酶与d -鸟氨酸和G418结合的x射线结构测定:对底物结合和ODC构象灵活性的洞察。
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杰克逊LK，戈德史密斯EJ，菲利普斯MA
布氏锥虫鸟氨酸脱羧酶与d -鸟氨酸和G418结合的x射线结构测定:对底物结合和ODC构象灵活性的洞察。
中国生物化学杂志，2003年6月13日;Epub 2003年4月2日
- PubMed ID
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12672797 (PubMed视图］
- 摘要
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鸟氨酸脱羧酶(ODC)是一种依赖于吡哆醛5'-磷酸(PLP)的酶，它催化多胺生物合成中的速率决定步骤。ODC是治疗非洲昏睡病的有效药物靶点。布氏锥虫ODC与底物类似物d-鸟氨酸(d-Orn)和弱非竞争性抑制剂G418 (Geneticin)配合物的x射线晶体结构确定为2.5-A分辨率。d-Orn与PLP形成席夫碱，侧链位置与之前在布氏t虫ODC结构中观察到的腐胺和α -二氟甲基洛尼氨酸的位置相似。d-Orn羧酸盐位于活性位点的溶剂暴露侧(PLP的si面)，Gly-199, Gly-362和His-197是该部分4.2 A内仅有的残基。该结构证实了d-Orn的羧酸盐在PLP的si面结合的预测，并支持了一个模型，即底物l-Orn的羧基将被埋在辅因子的re面，其中包括phi -397, tir -389, Lys-69(亚甲基碳)和Asp-361。在每个ODC单体的两个畴之间的边界处观察到G418的电子密度。二聚体界面的2倍轴附近的一个十氨基酸环区(392-401)在这个结构中是无序的，它贡献了几个形成活性位点的残基。活性位点残基的紊乱为G418的抑制提供了一种潜在的机制，并表明该位点的变构抑制是可行的。