ras p21的溶液结构和动力学。GDP由异核三维和四维核磁共振波谱确定。
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Kraulis PJ, Domaille PJ, Campbell-Burk SL, Van Aken T, Laue ED
ras p21的溶液结构和动力学。GDP由异核三维和四维核磁共振波谱确定。
生物化学。1994 3月29日;33(12):3515-31。
- PubMed ID
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8142349 (PubMed视图］
- 摘要
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利用核磁共振波谱法测定了ras p21蛋白(残基1-166)的GDP形式的高分辨率溶液结构。Ras p21是人类Ras原癌基因的产物，是一个普遍存在的真核生物基因家族的成员，在进化中高度保守。通过使用新开发的3D/4D版本的ANSIG软件分析三维和四维(3D和4D)异核NMR谱，获得了一个几乎完整的配位(13C, 15N和1H)，包括54个C β -亚甲基质子和10个C γ甲基质子的立体配位。从3369个实验约束中计算出总共40个收敛结构，这些约束包括3167个核Overhauser效应(NOE)衍生的距离，14 phi和54 chi 1扭转角约束，109个氢键距离约束，以及来自定义GDP配体、镁离子和蛋白质之间相互作用的文献数据的另外25个约束。残基58-66区域(环路L4)和残基30-38区域(环路L2)的结构不明确。蛋白质中骨干15N核的动力学分析表明，在58-66、107-109区域内的残基，以及在较小程度上的30-38区域内的残基在纳秒时间尺度上是动态移动的。如果分析中包括所有残基(1-166)，40种溶液结构与平均原子坐标之间的均方根(rms)偏差对于骨干重原子为0.78 A，对于所有非氢原子为1.29 A。若剔除残基30-38和残基58-66，则均方根偏差分别降至0.55和1.00 A。该结构与最精细的ras p21 x射线晶体结构进行了比较。国内生产总值(1-189)[米尔本，M. V.， Tong, L.， de Vos, A. M.， Brunger, A. T.， Yamaizumi, Z.，西村，S.， & Kim, S.- h .] (1990) Science 24, 939-945]. The structures are very similar except in the regions found to be mobile by NMR spectroscopy. In addition, the second alpha-helix (helix-2) has a slightly different orientation. The rms deviation between the average of the solution structures and the X-ray crystal structure is 0.94 A for the backbone heavy atoms if residues 31-37 and residues 59-73 are excluded from the analysis.