基于天门冬氨酸转氨酶大结构域的ABC转运体核苷酸结合结构域模型。
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hoedemaaker FJ, Davidson AR, Rose DR
基于天门冬氨酸转氨酶大结构域的ABC转运体核苷酸结合结构域模型。
蛋白质。1998 Feb 15;30(3):275-86。
- PubMed ID
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9517543 (PubMed视图］
- 摘要
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ABC转运蛋白是一个完整的膜蛋白超家族，参与atp依赖性的生物膜转运。这个超家族的成员在许多生物医学现象中发挥作用，包括囊性纤维化(CFTR)和多药耐药(p -糖蛋白，MRP)。大多数ABC转运蛋白被预测由四个结构域、两个跨膜结构域和两个细胞质结构域组成。后者包含保守的核苷酸结合基序。确定ABC转运体及其独立结构域的尝试正在进行中，但尚未成功。为了帮助确定结构并可能了解更多关于结构域边界的信息，我们开始基于已知结构对ABC转运体的核苷酸结合结构域(NBDs)进行建模。以前预测nbd 3D结构的尝试仅仅基于与已知核苷酸结合折叠的序列相似性。我们用D.T. Jones开发的算法THREADER分析了一些核苷酸结合域的序列，并在天门冬氨酸转氨酶的结构中发现了可能的折叠。基于天门冬氨酸氨基转移酶a链的大结构域，我们提出了CFTR n端NBD的模型。该模型使用多重序列比对、二级结构预测和3D-1D剖面进行优化。 Our model seems to be in good agreement with known properties of nucleotide-binding domains and has some appealing characteristics compared with the previous models.