的晶体结构phosphonate-inhibited D-Ala-D-Ala肽酶显示出模拟的四面体过渡状态。
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Silvaggi NR,安德森JW Brinsmade SR,普拉特射频,凯利农协
的晶体结构phosphonate-inhibited D-Ala-D-Ala肽酶显示出模拟的四面体过渡状态。
生物化学,2003年2月11日,42 (5):1199 - 208。
- PubMed ID
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12564922 (在PubMed]
- 文摘
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D-Alanyl-D-alanine羧肽酶/转肽酶(DD-peptidases) beta-lactam-sensitive酶负责最后的肽聚糖交联一步细菌细胞壁的生物合成。高度特定的三肽瞵酸盐抑制剂设计侧链对应部分的链霉菌属R61肽聚糖。这种化合物被发现是一个缓慢的、不可逆转的DD-peptidase钝化剂。分子建模表明,尽管phosphonylation pentacoordinated中间的反应不会与酶的相互作用强烈,一个tetracoordinated phosphonyl酶可能类似于与肽底物反应的过渡态。为了研究这种可能性,phosphonyl酶的晶体结构被确定。1.1解决结构表明抑制剂phosphonylated催化丝氨酸(Ser62)。phosphonyl氧的共价结合在oxyanion洞,而另一个由两个水分子溶剂化。Tyr159的守恒的羟基形成强氢键与后者氧原子(2.77)。这样的安排被解释为类似的过渡态形成的四面体中间羧肽酶的脱酰作用一步反应。邻近的溶剂化Tyr159 phosphonyl氧表明酪氨酸阴离子作为脱酰作用的基础。这个过渡态类似物结构的结构相比,共价DD-peptidase反应中间体和phosphonylated beta-lactamases。 These comparisons show that specific substrate binding to the peptidase induces a conformational change in the active site that places Ser62 in an optimal position for catalysis. This activated conformation relaxes as the reaction proceeds.