底物特异性循环的分析总科帽域。
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戴Lahiri SD,张G J, Dunaway-Mariano D,艾伦KN
底物特异性循环的分析总科帽域。
生物化学。2004年3月16日,43 (10):2812 - 20。
- PubMed ID
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15005616 (在PubMed]
- 文摘
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的haloacid dehalogenase(已经)总科包括多种酶催化底物C-Cl的乳沟,通过亲核取代途径pci, P-OP债券。所有成员具有α/β核心领域,许多还拥有一个小型股域。核心域的活性部位是由四个循环(对应序列1 - 4),哪个位置衬底和cofactor-binding残留物以及催化化学组织调解的“核心”。帽域负责化学家庭内部的多元化。严格beta-turn helix-loop-helix图案的帽子域包含一个严格守恒的g(5)序列图案,两侧残留的侧链造成的催化部位形成domain-domain接口。定义的角色守恒g在帽的结构和功能域的循环总科成员phosphonoacetaldehyde水解酶和beta-phosphoglucomutase,通用电气是突变Pro, Val或者阿拉巴马州。在每个突变体催化活性严重减少。检查在循环5 g替换构象的影响,x射线晶体结构的Gly50Pro phosphonoacetaldehyde水解酶突变体。的骨架构象改变位置50戏剧性的影响相邻残基侧链的空间配置。Lys53,赖氨酸席夫碱形成旋转的催化基团的侧链Leu52搬来填补它的位置。 On the basis of these studies, it was concluded that the flexibility afforded by the conserved Gly is critical to the function of loop 5 and that it is a marker by which the cap domain substrate specificity loop can be identified within the amino acid sequence of HAD family members.