膦酸酯衍生物的晶体结构肠杆菌泄殖腔P99 cephalosporinase:机械的解释beta-lactamase过渡态模拟。
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Lobkovsky E,比林斯EM, Moews PC, Rahil J,普拉特射频,小诺克斯
膦酸酯衍生物的晶体结构肠杆菌泄殖腔P99 cephalosporinase:机械的解释beta-lactamase过渡态模拟。
生物化学。1994年6月7日,33 (22):6762 - 72。
- PubMed ID
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8204611 (在PubMed]
- 文摘
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形成一个复杂的晶体结构反应的肠杆菌泄殖腔P99 cephalosporinase (beta-lactamase)膦酸酯单酯抑制剂,m-carboxyphenyl [[N - ((p-iodophenyl)乙酰基)氨基)甲基]膦酸酯,获得2.3 a分辨率。结构表明,抑制剂phosphonylated活性部位的丝氨酸(Ser64)失去m-carboxyphenol离去基团。活性部位的抑制剂定位的方式,可以解释一个过渡态的模拟。arylacetamido支链放置如预期般从类似beta-lactamoyl penicillin-recognizing酶复合物,与氢键的骨干羰基氨基Ser318 (B3 beta-strand)和酰胺Gln120 Asn152。有支持的不对称氢键的侧链的蛋白质和苄组的2倍障碍相当宽的底物特异性丙级beta-lactamases展出。一个phosphonyl氧原子oxyanion洞,氢键主链NH Ser318组和Ser64,氧,而另一个是溶剂化,而不是任何氨基酸侧链的氢键距离内。最接近的活性部位官能团的溶剂化氧原子是Tyr150羟基(3.4);Lys67和Lys315相当遥远的(分别为4.3和5.7)。相反,Tyr150和Lys67更与Ser64O伽马密切相关(2.9和3.3)。这样的安排方面解释的四面体中间的过渡态催化的脱酰作用的步骤,在Tyr150苯酚似乎最有可能一般的酸。因此,Tyr150酚盐离子,将一般的基地在酰化催化剂,提出Oefner et al。(自然(1990)343,284 - 288]。 The structure is compared with that of a similar phosphonate derivative of a class A beta-lactamase [Chen et al. (1993) J. Mol. Biol. 234, 165-178], and mechanistic comparisons are made. The sensitivity of serine beta-lactamases, as opposed to serine proteinases, toward inhibition by phosphonate monoanions is supported by electrostatic calculations showing a net positive potential only in the catalytic sites of the beta-lactamases.