系统分析的蛋白质池、亚型和修改影响营业额和亚细胞定位。
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布瓦维尔·艾哈迈德·Y,调频,Lundberg E, Uhlen M, Lamond AI
系统分析的蛋白质池、亚型和修改影响营业额和亚细胞定位。
摩尔细胞蛋白质组学。2012年3月,11 (3):M111.013680。doi: 10.1074 / mcp.M111.013680。Epub 2011年10月16日。
- PubMed ID
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22002106 (在PubMed]
- 文摘
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在高等真核生物基因编码蛋白亚型的属性特征和生物角色往往不佳。这里我们描述系统的方法检测不同的亚型,或单独的池相同的同种型微分生物属性。利用离子强度的信息我们估计蛋白质丰度水平和使用利率变化的稳定同位素标记的氨基酸在细胞培养中同位素比值测量流动率为海拉细胞蛋白质组和亚细胞分布。蛋白亚型检测使用三个数据分析策略,评估差异稳定同位素标记的氨基酸在细胞培养中同位素比值为特定组肽肽的总组内分配给一个蛋白质。候选方法比较稳定同位素标记的氨基酸在细胞培养中同位素比值预测isoform-specific肽,肽与比率值共享所有的亚型。三分法的方法比较了意味着所有肽同位素比率值在每个三个相等的部分沿着线性的蛋白质,评估细分值之间的差异。一分之三行方法比较意味着每个序贯组同位素比率值三个相邻肽,评估与平均值差异为所有分配给蛋白质的肽。蛋白亚型也发现和它们的属性评估通过分馏细胞提取胰蛋白酶消化和女士之前对一维的sds - page分析和独立评估同位素比率值相同的多肽分离出不同的凝胶片。蛋白质磷酸化的影响分析了流动率比较意味着营业额值计算为所有分配给蛋白质、肽为同源此处则既包括或排除,值。总的来说,这些实验和分析方法提供了一个框架,扩大功能基因组的注释。