Methylobacterium基因组序列:参考蓝图探讨C1化合物的微生物新陈代谢自然和工业来源。
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Vuilleumier年代,Chistoserdova L,李MC, Bringel F, Lajus,周Y, Gourion B, V, " Chang J, Cruveiller年代,Dossat C,吉列W, Gruffaz C, Haugen E, Hourcade E,利维R, Mangenot年代,穆勒E, Nadalig T, Pagni M,彭妮C, Peyraud R,罗宾逊DG,罗氏D, Rouy Z, Saenampechek C, Salvignol G, Vallenet D,吴Z,马克思CJ, Vorholt是的,奥尔森MV, Kaul R, Weissenbach J, Medigue C, Lidstrom我
Methylobacterium基因组序列:参考蓝图探讨C1化合物的微生物新陈代谢自然和工业来源。
《公共科学图书馆•综合》。2009;4 (5):e5584。doi: 10.1371 / journal.pone.0005584。2009年5月18日Epub。
- PubMed ID
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19440302 (在PubMed]
- 文摘
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背景:Methylotrophy描述生物生长的能力减少没有碳碳键的有机化合物。细菌的基因组两pink-pigmented兼性methylotrophic Alpha-proteobacterial属Methylobacterium,参考物种Methylobacterium extorquens应变AM1和dichloromethane-degrading菌株DM4,比较。方法/主要结果:应变AM1的6.88 Mb的基因组包含5.51 Mb染色体,1.26 Mb megaplasmid和三个质粒,而应变DM4的6.12 Mb基因组功能5.94 Mb染色体和两个质粒。染色体高度syntenic和分享大部分的基因,而质粒大多毒株特异性,除了一个130 kb的区域应变AM1 megaplasmid是syntenic应变DM4的染色体区域。两个基因组包含大套插入元素,其中许多毒株特异性,表明一个重要的潜在的基因组可塑性。大多数的基因因素与methylotrophy几乎是相同的,有两个异常说明Methylobacterium的代谢和基因多样性。126 kb利用二氯甲烷(dcm)基因簇对应变的能力至关重要DM4使用dcm作为唯一碳和能源对经济增长和应变DM4是独一无二的。甲胺的利用率(猫)基因簇只存在于应变AM1,表明应变增长与甲胺DM4雇佣另一个系统。dcm和茂集群代表的两个染色体基因组岛(AM1: 28日;DM4: 17)定义。 The mau cluster is flanked by mobile elements, but the dcm cluster disrupts a gene annotated as chelatase and for which we propose the name "island integration determinant" (iid). CONCLUSION/SIGNIFICANCE: These two genome sequences provide a platform for intra- and interspecies genomic comparisons in the genus Methylobacterium, and for investigations of the adaptive mechanisms which allow bacterial lineages to acquire methylotrophic lifestyles.