蛋白质如何准备B12绑定:B12-binding亚基的结构和动力学从tetanomorphum梭状芽胞杆菌谷氨酸变位酶。
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收费,Konrat R,希尔伯特BH,沼泽,Krautler B
蛋白质如何准备B12绑定:B12-binding亚基的结构和动力学从tetanomorphum梭状芽胞杆菌谷氨酸变位酶。
结构。1998年8月15日,6(8):1021 - 33所示。
- PubMed ID
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9739092 (在PubMed]
- 文摘
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背景:谷氨酸变位酶是一种adenosylcobamide(辅酶B12)相关的酶,这种酶催化的可逆重排(2 s)谷氨酸3-methylaspartate (2 s, 3 s)。tetanomorphum梭状芽胞杆菌的酶包括两个子单元(53.7和14.8 kDa)和在其活性形式似乎是一个α2β2四聚物。较小的子单元,称为傻瓜,一直认为B12-binding组件。知识的结构B12-binding酶蛋白不存在。结果:解决方案结构和重要动力方面的傻瓜已经决定从一个杂环的核磁共振研究。傻瓜的全球褶皱的解决方案类似,由x射线晶体学B12-binding域的大肠杆菌蛋氨酸合成酶和丙酸菌属shermanii methylmalonyl辅酶a变位酶。在这两个蛋白一个组氨酸残基取代内生cobalt-coordinating B12代数余子式的配体。然而,在杂种狗,包含守恒的组氨酸残基的蛋白质的部分形成一个非结构化和移动扩展循环的一部分。结论:比较两个B12-binding的晶体结构域,B12代数余子式,和解决方案结构的脱辅基蛋白杂种狗帮助澄清B12绑定机制。傻瓜的主要部分是preorganized B12绑定,但是B12-binding网站本身只是部分形成。 Upon binding B12, important elements of the binding site appear to become structured, including an alpha helix that forms one side of the cleft accommodating the nucleotide 'tail' of the cofactor.