循环和子域运动在大肠杆菌二氢叶酸还原酶的机制:晶体的证据。
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莎瓦亚先生,德国人J
循环和子域运动在大肠杆菌二氢叶酸还原酶的机制:晶体的证据。
生物化学。1997年1月21日,36 (3):586 - 603。
- PubMed ID
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9012674 (在PubMed]
- 文摘
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大肠杆菌的反应催化二氢叶酸还原酶(ecDHFR)周期通过五道质量检测动能中间体:全酶,米歇利斯复杂,三元产品复杂,tetrahydrofolate(四氢呋喃)二进制复杂,和四氢呋喃。NADPH复杂。同晶型晶体结构类似于这五个中间体和过渡态(如由methotrexate-NADPH复杂)被用来组装2.1解决电影描绘在催化循环和子域运动周期(见支持信息)。结构表明,M20循环主要是封闭在反应物全酶,米歇利斯和过渡态配合物。但是,剩余的周期中,当烟酰胺不绑定,循环阻塞(突出)nicotinamide-ribose绑定的口袋里。在从封闭到阻挡构象改变,中央部分的循环重新从β褶板3(10)螺旋。变化可能发生不规则结构的开环的构象,这可能是暂时性的承认一个水分子进入位置使质子化它们的二氢叶酸。米歇利斯的过渡态类似物复杂,ecDHFR两部分之间的旋转,腺苷子域名绑定子域名和循环,关闭(p-aminobenzoyl)谷氨酸(pABG)绑定缝隙大约0.5。从而增强pABG接触的一部分可能稳定起皱纹的C6蝶啶环过渡态。子域旋转进一步调整cofactor-induced运动(约0.5)的螺旋B和C,产生更大的pABG裂在四氢呋喃。比在四氢呋喃NADPH模拟复杂模拟复杂。这些运动可以解释如何协助下NADPH绑定四氢呋喃释放。 Subdomain rotation is not observed in vertebrate DHFR structures, but an analogous loop movement (residues 59-70) appears to similarly adjust the pABG cleft width, suggesting that these movements are important for catalysis. Loop movement, also unobserved in vertebrate DHFR structures, may preferentially weaken NADP+ vs NADPH binding in ecDHFR, an evolutionary adaptation to reduce product inhibition in the NADP+ rich environment of prokaryotes.