预测蛋白质的疏水跨膜beta-strands的特征。
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Gromiha MM, Ponnuswamy PK
预测蛋白质的疏水跨膜beta-strands的特征。
Int J Pept蛋白质研究》1993年11月,42(5):420 - 31所示。
- PubMed ID
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8106193 (在PubMed]
- 文摘
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组装beta-strands组成的外膜蛋白的跨膜段相比是更复杂的内在膜蛋白的组装有阿尔法螺旋跨膜部分。这可能是由于不同的氨基酸序列链和螺旋跨膜部分。因为这个特性,大多数预测计划成功的预测跨膜螺旋段无法预测跨膜链段。这里我们提出一种新的预测方案预测外膜蛋白的跨膜链段周围的一般使用疏水性规模发展为球状和膜蛋白在前面的文章。计划的两个主要特征是(我),它并不仅仅取决于序列段的两性分子的特征而确定跨膜链,它能够预测不同链长度、设施反映了膜表面的变化。这个方案预测孔蛋白的跨膜beta-strands r . capsulatus 76%精度(给由于重量超过,under-predictions相比,x射线结果)。OmpA beta-structure预测内容,从大肠杆菌和maltoporin孔蛋白相比,拉曼光谱结果在95%的水平。这些精度水平远比其他现有的水平获得优越的方法。除了上述四个蛋白质的实验信息可用,其他10个外膜蛋白,因为没有他们的二级结构信息,被认为是在预测。分析结果和折叠的共同特征的一组14外膜蛋白质推断。